a.comのコンバージョンをb.com/entry/としたい場合の設定。

アナリティクスの設定画面＞トラッキングコードを開く。

「複数のトップレベルドメイン」を選んで、トラッキングコードを両ドメインのサイトに埋める。

これで両方のサイトを一つのサイトとして扱うようになる。

Bドメインへの遷移を離脱と捉えさせないようにする。
Bドメインへのaタグに以下を追記
※参照Google Developers

<a href="http://b.com/entry/"
onclick="_gaq.push(['_link', 'http://b.com/entry/']); return false;">アンカーテキスト</a>

アナリティクスの設定でフィルタをかけて、b.comをa.comに置換する。

このまんまフィルタ設定すればOK

これで保存したら、複数サイト間でCVをとれるようになるはず・・・。